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研究業績Works

原著論文 Refereed papers

2018年

Ohmae, E., Hamajima, Y., Nagae, T., Watanabe, N., Kato, C.:
Similar structural stabilities of 3-isopropylmalate dehydrogenases from the obligatory piezophilic bacterium Shewanella benthicastrain DB21MT-2 and its atmospheric congener S. oneidensis strain MR-1,
BBA - Proteins Proteomics, 1866, 680-691 (2018).
https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2018.04.001

2017年

Nakashima, M., Tsuzuki, S., Awazu, H., Hamano, A., Okada, A., Ode, H., Maejima, M., Hachiya, A., Yokomaku, Y., Watanabe, N., Akari, H. and Iwatani, Y.:
Mapping Region of Human Restriction Factor APOBEC3H Critical for Interaction with HIV-1 Vif,
J. Mol. Biol., 429(8), 1262-1276 (2017).
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2017.03.019

Kihara, T., Sugimoto, Y., Shinohara, S., Takaoka S. and Miyake, J.:
Cysteine-rich protein 2 accelerates actin filament cluster formation,
PLoS ONE 12(8): e0183085 (2017).
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0183085

Watanabe, N., Nagae, T., Yamada, Y., Tomita, A., Matsugaki, N. and Tabuchi, M.:
Protein crystallography beamline (BL2S1) at the Aichi synchrotron,
J. Synchrotron Rad., 24(1), 338-343 (2017).
https://doi.org/10.1107/S1600577516018579

Maki, Y., Furusawa, K., Dobashi, T., Sugimoto, Y. and Wakabayashi, K.:
Small-angle X-ray and light scattering analysis of multi-layered Curdlan gels prepared by a diffusion method,
Carbohydr Polym., 155, 136-145 (2017).
https://dx.doi.org/10.1016/j.carbpol.2016.08.061


2016年

Hamajima, Y., Nagae, T., Watanabe, N., Ohmae, E., Kato-Yamada, Y. and Kato, C.:
Pressure adaptation of 3-isopropylmalate dehydrogenase from an extremely piezophilic bacterium is attributed to a single amino acid substitution,
Extremophiles 20(2), 177-186 (2016).
http://dx.doi.org/10.1007/s00792-016-0811-4

Nakashima, M., Ode, H., Suzuki, K., Fujino, M., Maejima, M., Kimura, Y., Masaoka, T., Hattori, J., Matsuda, M., Hachiya, A., Yokomaku, Y., Suzuki, A., Watanabe, N., Sugiura, W. and Iwatani, Y.:
Unique Flap Conformation in an HIV-1 Protease with High-level Darunavir Resistance and the I50V Mutation,
Front. Microbiol. 7, 61 (2016).
http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2016.00061

Nakashima, M., Ode, H., Kawamura, T., Kitamura, S., Naganawa, Y., Awazu, H., Tsuzuki, S., Matsuoka, K., Nemoto M., Hachiya, A., Sugiura, W., Yokomaku, Y., Watanabe N. and Iwatani, Y.:
Structural Insights into HIV-1 Vif-APOBEC3F Interaction,
J. Virology, 90(2), 1034-1047 (2016).
http://dx.doi.org/10.1128/JVI.02369-15


2015年

Koiwai, K., Kubota, T., Watanabe, N., Hori, K., Koiwai, O. and Masai, H.:
Definition of the transcription factor TdIF1 consensus binding sequence through genome-wide mapping of its binding sites,
Genes to Cells, 20(3), 242-254 (2015).
http://dx.doi.org/10.1111/gtc.12216

Yamada, H., Nagae, T., Watanabe, N.:
High-pressure protein crystallography of hen egg-white lysozyme,
Acta Cryst ., D71(4), 742-753 (2015).
http://dx.doi.org/10.1107/S1399004715000292

Kawamura, T., Kobayashi, T., Watanabe, N.:
Analysis of the HindIII-catalyzed reaction by time-resolved crystallography,
Acta Cryst ., D71(2), 256-265 (2015).
http://dx.doi.org/10.1107/S1399004714025188


2014年

Chaurasiya K. R., McCauley, M. J., Wang, W., Qualley, D. F., Wu, T., Kitamura, S., Geertsema, H., Chan, D. S., Hertz, A., Iwatani, Y., Levin, J. G., Musier-Forsyth, K., Rouzina, I., Williams, M. C.:
Oligomerization transforms human APOBEC3G from an efficient enzyme to a slowly dissociating nucleic acid-binding protein,
Nat Chem. 6, 28-33 (2014)
http://dx.doi.org/10.1107/S0909049513022188



2013年

Sakabe, N., Sakabe, K., Ohsawa, S., Sakai, T., Kobayakawa, H., Sugimura, T., Ikeda, M., Tawada, M., Watanabe, N., Sasaki, K. and Wakatsuki, M.:
U-shape rotating anti-cathode compact X-ray generator:20 times stronger than the commercially available X-ray source,
J. Synchrotron Rad., 20(6), 829-833 (2013)
http://dx.doi.org/10.1107/S0909049513022188

Chavas, LMG, Nagae, T., Yamada, H., Watanabe, N., Yamada, Y., Hiraki, M. and Matsugaki, N.:
New methodologies at PF AR-NW12A: implementation of high-pressure macromolecular crystallography,
J. Synchrotron Rad., 20(6), 838-842 (2013)
http://dx.doi.org/10.1107/S0909049513020797

Hayashi, T., Tanaka, Y., Sakai, N., Okada, U., Yao, M., Watanabe, N., Tamura, T. and Tanaka, I.:
SCO4008, a putative TetR transcriptional repressor from Streptomyces coelicolor A3(2), regulates transcription of sco4007 by multidrug recognition,
J. Mol. Biol., 425(18), 3289-3300 (2013)
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2013.06.013

Kubota, T., Koiwai, O., Hori, K., Watanabe, N. and Koiwai, K.:
TdIF1 Recognizes a Specific DNA Sequence through Its Helix-Turn-Helix and AT-Hook Motifs to Regulate Gene Transcription.
PLOS ONE, 8(7), e66710 (2013)
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0066710

Hayashi, T., Tanaka, Y., Sakai, N., Watanabe, N., Tamura, T., Tanaka, I. and Yao, M.:
Structural and genomic DNA analysis of a putative transcription factor SCO5550 from Streptomyces coelicolor A3(2): regulating the expression of gene sco5551 as a transcriptional activator with a novel dimer shape.
Biochem. Biophys. Res. Commun., 435(1), 28-33 (2013)
http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2013.04.017


2012年

Oshima, K., Sugimoto, Y., Irving, T.C., Wakabayashi, K.:
Head-Head Interactions of Resting Myosin Crossbridges in Intact Frog Skeletal Muscles, Revealed by Synchrotron X-Ray Fiber Diffraction.
PLoS ONE, 7(12), e52421 (2012)
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0052421

Fujihashi, M., Hiraki, M., Ueno, G., Baba, S., Murakami, H., Suzuki, M., Watanabe, N., Tanaka, I., Nakagawa, A., Wakatsuki, S., Yamamoto, M. and Miki, K.:
Crystal-sample pins and a storage cassette system compatible with the protein crystallography beamlines at both the Photon Factory and SPring-8.
J. Appl. Cryst., 45(6), 1156-1161 (2012)
http://dx.doi.org/10.1107/S002188981203734X

Kitamura S., Ode H., Nakashima M., Imahashi M., Naganawa Y., Kurosawa T., Yokomaku Y., Yamane T., Watanabe N., Suzuki A., Sugiura W., Iwatani Y.:
The APOBEC3C crystal structure and the interface for HIV-1 Vif binding.
Nat Struct Mol Biol. 19. 1005-1010 (2012)
http://dx.doi.org/10.1038/nsmb.2378

Ode, H., Nakashima, M., Kitamura, S., Sugiura, W., Sato, H.:
Molecular dynamics simulation in virus research.
Front.Microbiol. 3, 258 (2012)
http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2012.00258

Goddard-Borger, ED., Sakaguchi, K., Reitinger, S., Watanabe, N., Ito, M. and Withers, SG.:
Mechanistic Insights into the 1,3-Xylanases: Useful Enzymes for Manipulation of Algal Biomass,
J. Am. Chem. Soc., 134(8), 3895-3902 (2012).
http://dx.doi.org/10.1021/ja211836t

Imahashi, M., Nakashima, M., Iwatani, Y.:
Antiviral mechanism and biochemical basis of the human APOBEC3 family
Front.Microbiol. 3, 250 (2012)
http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2012.00250

Nagae, T., Kawamura, T., Chavas, LMG., Niwa, K., Hasegawa, M., Kato, C. and Watanabe, N.:
High-pressure-induced water penetration into 3-isopropylmalate dehydrogenase,
Acta Cryst ., D68(3), 300-309 (2012).
http://dx.doi.org/10.1107/S0907444912001862

Nagae, T., Kato, C. and Watanabe, N.:
Structural analysis of 3-isopropylmalate dehydrogenase from the obligate piezophile Shewanella benthica DB21MT-2 and the nonpiezophile Shewanella oneidensis MR-1,
Acta Cryst ., F68(3), 265-268 (2012).
http://dx.doi.org/10.1107/S1744309112001443


2011年

Kouno, T., Watanabe, N., Sakai, N., Nakamura, T., Nabeshima, Y., Morita, M., Mizuguchi, M., Aizawa, T., Demura, M., Imanaka, T., Tanaka, I. and Kawano, K.:
The structure of Physarum polycephalum hemagglutinin I suggests a minimal carbohydrate recognition domain of lectin fold,
J. Mol. Biol., 405(2), 560-569 (2011)
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2010.11.024

Kitamura, S., Ode, H., Iwatani, Y.:
Structural features of antiviral APOBEC3 proteins are linked to their functional activities.
Front. Microbiol. 2, 258 (2011).
http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2011.00258

Oshima, K., Sugimoto, Y., Wakabayashi, K..:
Deduction of the single filament transforms from partially sampled layer lines in the X-ray diffraction pattern from vertebrate striated muscles,
J. Appl. Cryst., 44, 398-408 (2011).
http://dx.doi.org/10.1107/S0021889811006455

Maki, Y., Ito, K., Hosoya, N., Yoneyama, C., Furusawa, K., Yamamoto, T., Dobashi,T., Sugimoto, Y., Wakabayashi, K.:
Anisotropic structure of calcium-induced alginate gels by optical and small-angle X-ray scattering measurements, 
Biomacromolecules, 12, 2145-2152 (2011).
http://dx.doi.org/10.1021/bm200223p

Kihara, T., Shinohara, S., Fujikawa, R., Sugimoto,Y., Murata, M., Miyake, J.:
Regulation of cysteine-rich protein 2 localization by the development of actin fibers during smooth muscle cell differentiation,
Biochem. Biophys. Res. Comm., 411, 96-101 (2011).
http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2011.06.100

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解説記事・総説 Review papers

2017年

槇靖幸,古澤和也,土橋敏明,杉本泰伸,若林克三:
拡散により形成される異方性バイオゲルのX線小角散乱による分子配向特性解析,
放射光, 30(6), 252-261 (2017).

渡邉信久,山田裕之,永江峰幸:
高圧蛋白質X線結晶構造解析法,
高圧力学会誌(高圧力の科学と技術),27(1), 18-25 (2017).
http://doi.org/10.4131/jshpreview.27.18

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報道・受賞等News Reports and Award

2016年2月
当研究室と海洋開発研究機構,広島大学の共同研究の成果がプレスリリースされました.
水深1万メートルの深海で発見された絶対好圧菌が有する酵素の耐圧メカニズムを解明しました.
『マリアナ海溝の底に生きる深海生物の酵素タンパク質の耐圧性のメカニズムを解明』

2016年1月
中島雅晶さんが第3回将来を見据えた生体分子の構造・機能解析から分子設計に関する研究会でポスター賞を受賞しました.

2013年11月
中島雅晶さんが第27回日本エイズ学会学術集会で優秀演題賞を受賞しました.

2013年10月
永江峰幸さんが平成25年度日本結晶学会年会でポスター賞を受賞しました.

2013年8月
河村高志さんが International Conference on Structural Genomics 2013 -Structural Life Science- でポスター賞を受賞しました.

2013年6月
北村紳悟さんが名古屋大学学術奨励賞を受賞しました.

2013年3月
黒沢哲平さんが学士論文発表会で優秀賞を受賞しました.

2012年3月
中島雅晶さんが日本化学会東海支部長賞を受賞しました.

2012年11月
北村紳悟さんが第60回日本ウイルス学会学術集会でポスター賞を受賞しました.

2012年9月30日 The Japan Times On line
『Map of key target brings hope of blocking HIV attack』

2012年9月29日 日本経済新聞 朝刊 38面
『HIV増殖を抑えるタンパク質 分子構造を解明 名大など新薬に道』

2012年9月24日 中日新聞 朝刊 3面 
『HIV増殖抑制へ一歩 タンパク質の「くぼみ」発見 名古屋医療センターなど 新薬開発に期待』

2012年9月24日 朝日新聞 朝刊 30面
『HIVの攻撃目標解明 増殖抑える治療薬に道』

2012年9月24日 読売新聞 朝刊 28面
『HIV増殖を抑制 たんぱく質の構造解明 名古屋医療センターなど』

2012年9月24日 東京新聞 朝刊 22面
『HIVの増殖に関係 タンパク質の構造解明 名大院生ら発表 新薬に期待』

2012年9月24日 時事通信(時事ドットコム)ほか
『免疫無効にする「くぼみ」発見=エイズ新薬に期待−名古屋医療センター』

2012年6月26日
米国科学振興協会(AAAS) 米国物理学協会(AIP)のニュースリリース に取り上げられました
『Delving into the molecular mechanism behind deep-sea bacteria's pressure tolerance』

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